Ketika duduk di kursi kepresidenan, jalan pedang perpolitikan Gus Dur banyak dinilai sebagai jalan politik kontroversial.
Bagi kalangan yang tidak terbiasa dengan mekanisme kerja kaidah fiqih, sulit untuk memahami jalan pikiran dan strategi politik Gus Dur.
Maka orang-orang ribut ketika di tahun 2000 Gus Dur setuju untuk menjadi anggota Simon Perez Foundation Israel di tengah konflik berkepanjangan Palestina-Israel. Karena bagi Gus Dur, percuma berusaha mendamaikan kedua negara yang sedang konflik jika juru damainya menjadi musuh bagi salah satu dari keduanya.
Jalan pikiran Gus Dur ini tidak berbeda misalnya ketika KH Wahab Chasbullah dengan Partai NU-nya selalu berada dalam kabinet bentukan Soekarno. Bahkan, konon Mbah Wahab banyak disindir sebagai Kiai Nasakom karena apapun kebijakan Soekarno, NU dipastikan ada.
Pergerakan Kiai Wahab dalam setiap percaturan dan pergolakan politik dinilai sebagai langkah Politik Jalan Tengah.
